個人向け国債は金融機関破綻時には保護されますか？

保護されます。
個人向け国債を含む振替国債の権利の帰属は、振替口座簿の記載または記録により定まりますので、振替国債の口座を開設してる金融機関が破綻した場合でも、その権利は保護され、利子や償還金がもらえなくなることはありません。