電子証明書方式やトランザクション認証を使っていれば、都度振込の限度額を最低限の必要額にする必要はないのでしょうか？

電子証明書方式やトランザクション認証はセキュリティ対策の一つですので、もちろんご利用いただくことで安全性は高まります。
しかし、海外やメガバンク等の被害事例をみる限り、今後どのような犯罪の手口が出てくるか想定できないため、万全ではございません。
リスクを少しでも低くするため、都度振込の限度額は最低限の必要額に設定しておくことをお勧めします。