「電子証明書」は、契約単位に発行されますか、ユーザ単位に発行されますか？

電子証明書はユーザ（ログインID）単位で1枚ずつ発行されます。
マスターユーザ（管理者）以外に一般ユーザが利用されている場合は、一般ユーザ1ユーザに対しても1枚ずつ発行されます。
なお、1ユーザが複数の証明書を保有する事は出来ません。
（例）マスターユーザ1名・一般ユーザ5名の場合
「ログインID」を各ユーザごとに管理し、電子証明書は6枚発行します。
※6枚の電子証明書は同一パソコンに取得（インストール）することも可能ですし、異なるパソコンにそれぞれ取得することも可能（ログインする際に、自分が取得した電子証明書を選択）です。